Во многих странах мира заключенные и задержанные содержатся в условиях, угрожающих их здоровью и жизни. Эти условия можно определить как жестокое, бесчеловечное или унижающее достоинство обращение или наказание. Заключенные могут быть лишены нормального питания и медицинского обслуживания, могут страдать от недостаточной вентиляции, слабого освещения, холодных батарей отопления. Зачастую им приходится спать по очереди в переполненных камерах. Иногда санитарные условия настолько ужасны, что представляют серьезную угрозу для здоровья. В результате наблюдается высокий процент смертности и тяжелых заболеваний среди тюремного населения во многих странах. МА призывает государства обеспечить соответствие законов и повседневной практики международным нормам в области прав человека. В частности, следует соблюдать Минимальные стандартные правила обращения с заключенными и Свод принципов защиты всех лиц, подвергаемых задержанию или заключению в какой бы то ни было форме. Организация проводит акции (чаще всего - через сеть срочной помощи и медицинскую сеть поддержки) в защиту заключенных, чья жизнь или здоровье подвергаются риску в тяжелых тюремных условиях, которые составляют жестокое, бесчеловечное либо унижающее достоинство обращение или наказание. МА требует, чтобы юристы, врачи и родственники имели доступ к заключенным. Кроме того, движение выступает за независимое инспектирование тюрем и других пенитенциарных учреждений с целью контроля соответствия условий заключения международным нормам. См. также лишение свободы без права переписки и сообщения и одиночное заключение.